Näringsämnen
Koraller förekommer i allmänhet på större djup och påverkas därför inte direkt av övergödning. Däremot kan övergödning få allvarliga indirekta effekter på korallmiljöer: förhöjda halter av närsalter resulterar i mycket kraftig tillväxt av kortlivade makroalger och växtplankton. När dessa dör och bryts ner sjunker de till botten och bidrar till ökad sedimentation av organiskt material som kan påverka djupa korallbiotoper negativt. Närsalthalter bör i allmänhet reduceras, men särskilt i ytvattnet i de områden där djupa korallbiotoper finns.
Gifter
Akut giftpåverkan på djupa korallbiotoper kan orsakas av förlisning av fartyg med farlig last bestående av syntetiska ämnen, tungmetaller och organiska miljögifter. Fartygstransporter med denna typ av last bör därför förläggas på avstånd från särskilt värdefulla och känsliga biotoper. Det finns även en risk för långsam anrikning av bioackumulerande ämnen (från diffusa utsläpp) i djupa miljöer.
