Det finns många hot emot mångfalden och funktionen hos grunda sedimentbottnar. För att bedöma och övervaka hur allvarliga hoten är och för att bedöma om fastslagna miljömål uppnås, kan det vara önskvärt att utveckla enkla indikatorer. En lista över samtliga indikatorer som används för att följa upp samtliga 16 miljömål finns på den officiella portalen Sveriges Miljömål. Här listar vi olika typer av indikatorer som kan användas för att mäta graden av hot på grunda sedimentbottnar. Listan av hot är ett urval av de hot som identifierades i en nyligen utkommen bedömning av hoten mot havsmiljön [10]
Eutrofiering
Eutrofieringen anses av många vara det största hotet mot kustzonens diversitet och funktion. Inom den nationella miljöövervakningen används tillförsel och halter av kväve och fosfor som indikatorer på övergödning. På grund av eutrofieringens genomgripande effekter har näringsstatusen även föreslagits som indikator på biologisk mångfald i Östersjöns grunda sedimentområden [11]. På samma sätt har täckningsgraden av fintrådiga alger föreslagits som indikator på biologisk mångfald i grunda sedimentområden på västkusten. Förekomsten av fintrådiga alger anses vara starkt kopplad till eutrofieringen, den har stor betydelse för förekomsten av makroskopisk fauna i grunda områden och kan mätas effektivt via flygfotografering [11].
Spridning av främmande arter
Det finns idag inga vedertagna indikatorer på graden av hot från främmande arter. Generellt anses artfattiga miljöer mer känsliga för invasion av nya arter och därför kan man befara att Östersjön är generellt mer känslig för främmande arter jämfört med västerhavet (Främmandearter i svenska hav). Eftersom många främmande arter sprids med barlastvatten skulle närheten till större hamnar kunna tjäna som indikator på hotet för invasion. När det gäller effekten av nyligen invandrade arter förefaller det naturligt att använda förekomsten av den aktuella arten som indikator.
Organiska miljögifter
Inom den nationella miljöövervakningen används en rad olika indikatorer i uppföljningen av miljömålet om ”Giftfri miljö”. Den första och mest direkta är koncentrationer av organiska miljögifter i ytsediment, men även ekotoxikologiska metoder som toxicitetstest med kräftdjuret vitmärlan i Östersjön och aktivitet hos avgiftningssystem i aborre och tånglake tjänar som indikatorer på effekterna av organiska gifter.
Strandnära byggande
Som indikatorer på strandnära byggande används mängden bryggor, förekomsten av hamnar och byggfrekvensen längs en kuststräcka [12], (Naturvårdsverket). Metoderna är relativt beprövade och lätta att beräkna med hjälp av flygfoton inom ramen för geografiska informationssystem (GIS).
Muddring, sandtäkt mm.
Grunda sedimentområden påverkas av en rad olika fysiska störningar, såsom muddring, tippning av muddermassor, igenfyllningar och täktverksamhet. Förekomsten av sådana störningar kan ofta observeras på flygbilder i skala 1:30000 eller större, men en enkel indikator på fysisk störning kan även vara förekomsten av bryggor och strandnära byggnader vars förekomst ofta sammanfaller med fysisk störning (Naturvårdsverket).