Näringsämnen
Förhöjda mängder av plankton har positiv effekt på blåmusslorna. De har även en hög tolerans mot syrebrist som kan uppkomma i samband med övergödning. Däremot blir samhället ofta artfattigt eftersom många associerade arter av alger och djur missgynnas av hög planktonproduktion och sedimentation. Detta beror på att arter som klarar lägre syrehalter t.ex. rundmaskar och havsborstmaskar konkurrerar ut de andra arterna.
Gifter
Blåmusslor ackumulerar gifter både naturliga från giftalgsblomningar och från kemiska föroreningar. Därför används de ofta i miljöövervakningen (se ovan). Det är de associerade arterna som slås ut i första hand. Musslorna däremot har i sig ofta hög tolerans, men ackumulerande gifter kan spridas vidare i näringskedjan bl.a. till människan.
Avlopp
Eutrofierande utsläpp är i allmänhet positiva för musslorna men negativa för associerad fauna och flora. Musslorna kan dock ackumulera virus, gifter och bakterier från avloppsvattnet som kan sprida sig i näringskedjan.
