Fiske med bottensläpande redskap är sannolikt det mest akuta hotet mot djupa korallbiotoper. Tillgängliga data indikerar att en betydande andel av kallvattenskoraller i svenska vatten redan har förstörts eller skadats allvarligt av påverkan från främst trålfiske. Påverkan kan ske både genom att de direkt skrapas sönder, genom att andra associerade arter tas bort som bifångster och genom indirekt påverkan från resuspension av bottenmaterial och ökad sedimentation. Den främsta motåtgärden utgörs av snabb kartläggning av kvarvarande djupa korallbiotoper och inrättande av skyddsområden runt dessa. Även fiske med garn, burar och krokredskap kan medföra skador, genom att redskapen mycket lätt snärjs in i koraller, samt genom selektivt avlägsnande av stationära arter, t.ex. lubb. Nyligen påbörjade studier av djupa hornkorallmiljöer i öppna delar av Skagerrak har bl.a. påvisat hög frekvens av förlorade fiskerevar insnärjda i koraller (Lundälv & Jonsson, pers. obs.). Ankring vid sportfiske i djupa korallbiotoper kan också medföra betydande skador.
