Musselbottnar är biotopbildande (dvs. skapar en speciell typ av miljö) och utgör en viktig livsmiljö för flera andra arter. Musslan själv utgör den dominerande biomassan och dess filtrerande funktion är mycket påtaglig. Att avlägsna musslor skulle kunna leda till lokalt försämrat siktdjup, med konsekvenser för t.ex. tångbältets djuputbredning i Östersjön. De främsta hoten mot blåmusselbottnar som livsmiljö är: muddringar i områden med musselbottnar och storskaligt kommersiellt musselfiske på gamla musselbottnar, så kallade musselbankar.
Blåmusslor är mycket toleranta mot de flesta typer av påverkan och störningar, utom i viss mån för extrem sedimentation t.ex. i samband med muddring. Genom att de associerade arterna är känsligare än musslorna så minskar mångfalden generellt vid störning.
Blåmusslan är inte hotad som art, däremot är biotopen musselbottnar, uppbyggda av gamla individer med rik associerad fauna, potentiellt hotade. Särskilt musselbottnar på mjukbottnar är känsliga då det sannolikt tar lång tid innan de återetableras. Detta beror på att musselskalen utgör substrat för nyrekrytering av mussellarver. Vid planering för anläggning/utbyggnad av hamnar, bryggor, etc. där man behöver muddra bör man därför ta hänsyn till och värna musselbankar på mjukbotten.
Odling av musslor
Musselodling är ett hållbart vattenbruk på grund av att musslorna recirkulerar näringen i systemet. Musslornas filtrering och närsaltomsättning är positiv för miljön och motverkar övergödning genom att musslorna tar upp stora mängder näringsämnen som sedan förs bort från systemet när musslorna skördas. Odling av musslor har därför föreslagits som ett sätt att minska övergödningen av våra kustvatten. Samtidigt som musslorna filtrerar vattnet kan de ackumulera algtoxiner och miljögifter från närområdet. Därför är det viktigt att musslorna odlas i områden med rent vatten och att det sker en kontroll av musslorna.
Det krävs tillstånd för att odla musslor. En ansökan om musselodling bedöms efter den nya Miljöbalken och i praktiken oftast bara efter Kap. 7, skydd av områden samt Fiskeriförordningen 1994:1716, som i första hand handlar om att förebygga spridning av smittsamma sjukdomar och flyttning av olämpliga arter och stammar. Om odlingen ligger inom 300 m från land har Länsstyrelsen att bedöma påverkan utifrån strandskyddsbestämmelserna. För mer detaljer se länsstyrelsens webbplats och Miljömusslor.
