De främsta hoten mot blåmusselbottnar som livsmiljö är:
- muddringar i områden med musselbottnar
- storskaligt kommersiellt musselfiske på gamla musselbottnar, sk. musselbankar
Blåmusslan är inte hotad som art, däremot är biotopen musselbottnar, uppbyggda av gamla individer med rik associerad fauna, potentiellt hotade. Särskilt musselbottnar på mjukbottnar är känsliga då det sannolikt tar lång tid innan de återetableras. Detta beror på att musselskalen utgör substrat för nyrekrytering av mussellarver. Musslorna har också en viktig funktion för andra ekosystem som t.ex. ålgräsängar. Genom att musslorna filtrerar och deponerar näringsrikt material gödslas bottnarna i grundområden, vilket gynnar ålgräsets tillväxt.
Allmänt sett är musselbottnar relativt sett mer tåliga mot de flesta störningar än andra habitat, och är ofta de sista som försvinner i ett område som påverkas. Vissa typer av påverkan som t.ex. grumling, övergödning och strukturer som placeras till havs gynnar musslor.
