Utbredningen av blåmussla skiljer sig mycket mellan västkusten och Östersjön. Blåmusselbottnar på Västkusten finns vanligen på 0-2 meter djup, vilket gör att det är möjligt att inventera och kartlägga utbredning med enkla metoder (vattenkikare från småbåt). Inventering i Östersjön kräver dykning eller videofilmning, då blåmusslorna förekommer ner till 30 m djup.
Blåmusslan kan undersökas året om, eftersom dess utbredning inte varierar under året. I Östersjön bör man dock undvika försommaren då mycket fintrådiga alger som Pilayella och Ectocarpus ligger som ett täcke över de flesta grunda musselbottnarna.
