Restaureringar av sjögräsängar kan genomföras för att helt återskapa ängar i områden där sjögräset försvunnit, eller för att understödja och påskynda naturlig återkolonisering till dessa områden. Transplantering av sjögräsplantor kan också ske för att skapa en högre genetisk diversitet i ängar som utarmats på genetisk variation. I Sverige har t.o.m. år 2005 inga större restaureringar skett, men flera olika metoder har använts vid restaureringar av ålgräsängar i bl.a. Holland och USA [46]; [47]; [48]. Restaurering kan antingen ske genom att transplantera hela plantor från andra områden eller genom att sprida frön som samlats från blommande skott i andra ängar. Av dessa båda metoder har undersökningar i USA visat att transplantering av hela plantor ger en betydligt bättre överlevnad jämfört med fröspridning. Dessa undersökningar visar vidare att framgången vid restaurering varierar kraftigt, varför den restaurerade ytan helst bör var större än den förstörda. Vidare är det viktigt att den genetiska diversiteten inte reduceras vid återskapande av ålgräsängar [49]; se genetisk diversitet). Vid uppföljning av restaurerade ålgräsbestånd är det också viktigt att övervaka även associerade växter och djur, eftersom tiden för återkolonisering varierar mellan olika arter.
