(se avsnitt Känslighet för mer detaljer)
Förhöjda halter av näringsämnen i kustområden resulterar oftast i en ökad produktion av växtplankton och ökad halt av organiska partiklar i vattnet, vilket minskar ljusets möjligheter att nå ned i vattnet. Närsaltsutsläpp kan därför minska det maximala djup sjögräsängar kan växa på. Övergödningen i Västerhavet och i Östersjön är troligen orsaken till att djuputbredningen av ålgräsängar minskat från över tio meters djup till runt fem meters djup de sista hundra åren [5]. Förhöjda halter av närsalter gynnar också ettåriga snabbväxande alger som snabbt kan tillgodogöra sig näringsämnena. Övergödning är troligen också orsak till en ökad förekomst av epifyter och mattor av makroalger i ålgräsekosystemen. En ohämmad tillväxt av dessa fintrådiga alger reducerar ljustillgången för sjögräset, hindrar vattenomsättningen och orsakar en minskning av den associerade faunan. Nedbrytning av stora mängder alger kan också orsaka syrebrist och svavelvätebildning som slår ut ålgräsängarna lokalt.
Gifter
(se avsnitt Känslighet)
Det största hotet från miljögifter – särskilt insekticider - är att associerade kräftdjur skadas eller dör. Märlkräftor av släktet Gammarus, kan spela en nyckelroll i ålgrässamhället genom att effektivt beta ned fintrådiga makroalger och hindra uppkomsten av kvävande algmattor, också i övergödda situationer. Märlkräftor är generellt känsliga för miljögifter, t.ex. pesticider och oljeutsläpp och föroreningar som reducerar antalet kräftdjursbetare kan få allvarliga konsekvenser för ålgräsekosystemet. Akuta oljeutsläpp kan även vara skadligt för sjögräs [40].
